Когато през 1543 г. първите португалски търговци доплавали до далечните острови, където се намирала страната Сипанго (Япония), скоро ги последвали и католически мисионери. Още през 1547 г. йезуитът Франциск Ксаверий достигнал Япония на 27 юли 1549 година. В допълнение към езиковата бариера, която постепенно преодолял, се сблъскал с идеологическа – японците не можели да разберат идеята, че всемогъщият Бог, който е създал всичко в света, включително Злото, е въплъщение на Доброто.
Постепенно, преодолявайки културната бариера и установявайки контакти с едрите феодали, Франциск успял да разнесе идеите на католицизма до японците от всички социални слоеве. Но, поради бушуващата в Япония гражданска война, във всяка провинция трябвало да преодолее бюрократични бариери. Разрешението да се проповядва от управителя на една провинция не означавало абсолютно нищо в друга, а властта на императора била формална. Някои феодали се покръствали само заради улесняване на търговията с европейските страни, тъй като йезуитите действали като посредници в тези сделки. Към 1579 г., според изчисленията на самите мисионери, в Япония имало около 130 хиляди християни.
Всичко това се промени, когато гражданската война утихна. Обединителят на Япония, шогунът Тойотоми Хидейоши решил, че християнството е учение, чуждо на японския народ. Той разпоредил да бъдат затворени всички християнски мисии в страната, а който не се подчинява – екзекутиран. В резултат на това шестима францисканци, седемнадесет японски християни и трима йезуити били заведени боси от Киото до Нагасаки, където били садистично разпънати на кръстове на 5 февруари 1597 г. По-късно католическата църква ги обявила за Двадесет и шестимата японски мъченици. Започнали погроми срещу християните и повечето били принудени да минат в нелегалност.
Когато през 1603 г. на власт дошъл Токугава Иеясу, изглеждало, че за японските християни ще има облекчение. Но въпреки, че новият шогун имал дългогодишни бизнес-отношения с испанските колонии, той наследил от своя предшественик подозрителността към християнството. На вездесъщите испански проповедници Токугава се опитал да противопостави протестантите – Япония сключила търговски споразумения с холандците и британците. Британските и холандските посланици заявили, че католическите мисионери подготвят почвата за испанско военно нашествие. В същото време те уверявали, че техните страни ще се ограничат с търговия.
Под въздействието на всички тези фактори през 1614 г. с указ на шогуна в Япония християнството било забранено. Всички чуждестранни мисионери и свещеници били изгонени от страната. Японските християни били принудени да се укриват. Център на тяхната съпротива станал град Нагасаки. (Между другото, някои историци и политолози смятат, че именно християнското минало на града е главната причина той да стане една от мишените на американските атомни бомбардировки през август 1945 г.).
Властите продължили да въвеждат все повече ограничения за тези, които не искали да се откажат от вярата си. През 1630-те години била въведена „Система на храмови гаранции“: всеки, който искал да получи някаква по-добра работа, трябвало да предостави документ от местния будистки храм, че го посещава редовно. Освен това служителите на шогуна измислили „фуми-е“ – метални пластини с изображения на Иисус Христос и Света Богородица. Заподозрените в християнство трябвало да стъпват върху тях. Онези, които отказвали или дори просто се колебаели, бивали арестувани и зверски изтезавани с чисто азиатска жестокост: сварявали ги в огромни казани, разпаряли коремите им и зашивали в тях живи плъхове и пр. Мнозина не се съгласявали да се отрекат и над хиляда християни били зверски избити заради вярата си.
През 1637 г. в провинция Шимабара избухнал бунт, който въпреки, че започнал като движение на селяни против високите данъци, бързо се превърнал в религиозен. Официален лидер и живо знаме на бунтовниците бил 16-годишният Амакуса Широ. Японските християни го смятали за месия, който върши различни чудеса – твърдели, например, че момчето ходи по вода. Скоро въстанието било жестоко смазано, а 37 хиляди християни – обезглавени.
Много японски християни предпочели да се крият. В техните домове имало тайни стаи, където се съхранявали символите на вярата им. По-хитрите показвали домашни будистки олтари на служителите на шогуна. Веднага след като проверяващите си отивали, статуята на Буда била обръщана, а на гърба й имало християнски кръст, пред който вече можели да се молят. Други дялали будистки статуи, но с лицата на християнски светци – а чиновниците не забелязвали уловката. Дори тайните молитви се четели монотонно, за да ги замаскират като будистки сутри.
Естествено, в домовете на японските католици нямало християнска литература – заради нея екзекутирали веднага. Затова Писанието се предавало устно от баща на син. Някои тайни християни отишли на отдалечени острови, където живеели в уединени комуни и пълна изолация от целия свят.
Това продължило до средата на ХІХ век. През 1858 г. на чужденците било официално разрешено да пребивават в Япония. Заедно с търговци и посланици в новооткритата страна пристигнали и свещеници. Един от тях бил французинът Бернар Петижан. Той изучил историята на преследването на християните в Япония и с помощта на Френското мисионерско общество построил църква в чест на 26-те Японски мъченици. Християните се трупали в новия храм. Петтижан бил крайно изненадан, че те били запазили много от ритуалите в продължение на 250 години практически непроменени. Папа Пий IX обявил това за Божие чудо.
Някои християнски комуни още дълго не знаели, че времената на преследване са отминали. Една такава общност била открита през 1990-те години от антрополога Кристал Уилан на островите Гото, близо до Нагасаки. В комуната живеели двама възрастни свещеници и няколко десетки мъже и жени. След разговор с тях ученият изненадано разбрал, че е попаднал на средновековна християнска общност, която успяла тайно да пренесе вярата на своите бащи и прадеди през вековните забрани.
–