Хуан Понсе де Леон е роден в Испания през 1460 година в сравнително бедно, но благородно семейство. Той служи като паж в двора на Арагон, където придобива социални умения, изучава религия и военна тактика. В крайна сметка става войник и се сражава срещу маврите в Гранада. Понсе де Леон скоро придобива слава и богатство и участва във втората експедиция на Христофор Колумб през 1493.
В началото на 1500-те години Понсе де Леон основава селища в Испаньола (днес Хаити и Доминиканска република), създава ферми и изгражда защити с надеждата да основе островна колония. Усилията му се отплащат и той се развива добре, отглеждайки и продавайки добитък на испанските търговци и мореплаватели. През 1504 Понсе де Леон е обявен за губернатор на източната част на страната. При връщането си в Испания той се жени за жена на име Леонора, която по-късно му ражда три деца.
През 1508 се разпространяват слухове за наличие на злато в Пуерто Рико и Испанската корона изпраща Понсе де Леон да изследва острова. Той взема 50 души и един кораб и се отправя към мястото, което днес е Сан Хуан. Година по-късно се завръща в Испаньола със злато и много възможности пред себе си. Експедицията му е успешна и той е обявен за губернатор на Пуерто Рико.
Испанската корона отново изпраща Понсе де Леон в Пуерто Рико, за да засели острова и да започне добив на злато. Той се отправя натам заедно със семейството си и точно както в Испаньола, изгражда селище, използвайки голям брой роби. Въпреки че повечето историци отбелязват, че Понсе де Леон не е използвал насилие срещу местните, общият ефект от поробването им и пренасянето на болести като едра шарка и морбили, оказва катастрофален ефект върху местното население.
През 1512 крал Фернандо II изпраща Понсе де Леон в търсене на нови земи, с надеждата той да открие още злато и да разшири Испанската империя. Точно по това време Понсе де Леон научава за съществуването на карибски остров, наречен Бимини, за който се носело слухове, че има магически води, наречени „фонтан на младостта“.
Макар че много историци посочват, че именно търсенето на „фонтана на младостта“ било мотивация за провеждането на експедицията, Понсе де Леон успява да сключи доста добра сделка с короната, за да започне търсенето. Било му обещано, че ще притежава изключителни права и ще бъде обявен за губернатор на всяка земя, на която стъпи. Днес някои смятат, че „фонтана на младостта“ изобщо не е бил включен в сделката между Понсе де Леон и короната и че търсенето му е свързано с името на Понсе де Леон едва след неговата смърт.
През март 1513 Понсе де Леон предвожда експедиция за своя сметка до Бимини, в която участвали три кораба и над 200 мъже. След месец той и хората му достигат до източния бряг на Флорида. Тъй като не знаел, че се намира в Северна Америка, Понсе де Леон решил, че е на друг остров. Той нарича района „Флорида“ („цветист“) на първо място заради буйната растителност и на второ място – защото го открива на Великден – празник, който испанците наричат Pascua Florida („празник на цветята“).
Макар да се смята, че той е откривателят на Флорида, Понсе де Леон не е първият, достигнал до тези земи. Когато се връща в Пуерто Рико, той заварва истински хаос. Съседното племе е изгорило селището му и убило мнозина от жителите. Собствената му къща е разрушена, а семейството му едва е успяло да се спаси от гибел.
През февруари 1521 Понсе де Леон напуска Пуерто Рико за втора експедиция до Флорида. Липсва подробна информация, но някои записки твърдят, че подготовката за пътуването била твърде лоша. Той и хората му пристигат в западната част на Флорида, където били нападнати от Калуса – големи индиански племена, населявали Флорида. Понсе де Леон бил ранен, вероятно от стрела с отрова. Връща се в Куба, където умира през юли 1521.
Понсе де Леон завинаги ще остане свързан с „фонтана на младостта“, макар че няма данни той да го е търсил умишлено. Макар да признава за съществуването на мита в мемоарите си, той е бил прекалено практичен човек, за да губи времето си в търсене на фантазии, вместо да гради състоянието си.