През 560-те години пр. Хр., по времето на Навуходоносор ІІ, Вавилония била на върха на своето могъщество. Тя представлявала една от най-могъщите държави в Месопотамия. Така интересите й неизбежно се сблъскали с тези на съседна Персия.
Основателят на персийската империя Кир Велики, от династията на Ахеменидите, водел много войни, като един след друг побеждавал враговете си. Сред съперниците му в борбата за власт над Азия се оказал и новият цар на Вавилония – Набонид.
Набонид седнал на трона около 556 г. пр. Хр. Той възродил агресивната идеология на някогашните асирийски царе и взел тяхната титла – „велик цар, могъщ цар, цар на Вселената, цар на Вавилон, цар на четирите посоки на света“.
Набонид нападнал Киликия и откарал много пленници във Вавилония. През 553 г. пр. Хр. той завладял и Едом. В Западна Арабия превзел градовете Дедан и Тейма.
Набонид поверил управлението на Вавилон на сина си Валтасар (Бершалусур), но продължил да контролира цялото царство. Неговата страст било изучаването на историята – заповядал да се възстановят старите храмове на Месопотамия, а подчинените му откривали и обновявали надписите, направени по заповед на древните царе.
Предполага се, че войната между Вавилония и Персия започнала преди 540 г. пр. Хр. Има споменаване за настъпление на Кир в района на Арбел през 547 г. пр. Хр., което може би е началото на нашествието във вавилонските земи. Т. нар. „Хроника на Набонид“ разказва, че статуи от храмовете на Вавилония били преместени в столицата, за да не попаднат в ръцете на персите.
Важна роля за падането на Вавилон изиграло предателството на военачалника Угбару (Гобри). В по-късния си труд „Киропедия“ Ксенофонт разказва, че той бил вавилонец и управлявал пограничната област Гутиум. Преминал на страната на Кир и именно от Гутиум започнало персийското нашествие. Самият Угбару станал един от пълководците на Кир.
Голямото нашествие на Кир Велики във Вавилония започнало през 539 г. пр. Хр. На границата с Гутиум близо до град Опис Набонид дал сражение на нападателите. Вавилонците били победени, мнозина от тях загинали, а персите взели много трофеи. Опитът на Набонид да предотврати преминаването на врага през река Тигър завършил с неуспех.
Според едни източници персите влезли във Вавилон без бой. Обаче според други нова вавилонска армия под командването на Набонид влязла в битка близо до столицата, но също била победена. Царят избягал в град Борсипа, на 20 км от Вавилон.
Вавилонците решили да се отбраняват. Тогава персите отклонили водите на река Ефрат и по нейното корито неголям отряд начело с предателя Угбару влязъл във Вавилон. Предполага се, че по време на тези събития бил убит синът на Набонид Валтасар. Няколко дни по-късно Кир влязъл във Вавилон. Това станало през октомври 539 г. пр. Хр. Набонид се предал на победителите и животът му бил пощаден. Угбару умрял скоро след превземането на Вавилон – предполага се, че вавилонците го убили като отмъщение за предателството му.
След победата Кир се опитал да установи доброжелателни връзки с местната аристокрация и жреците. В един запазен пропаганден текст, наричан „Цилиндърът на Кир“, се казва, че той възстановил небесния и земен ред, нарушен от Набонид. Текстът осъжда Набонид за популяризиране на култа към Син – бога на Луната, в ущърб на по-стария култ към Мардук.
По отношение на новите си поданици Кир опитвал да се покаже като законен цар, а не като чуждестранен нашественик. Неговите надписи имитирали тези на прочутия Ашурбанипал. В надписите, адресирани до вавилонците, той използвал за себе си традиционните асирийски титли, които употребявал и Набонид. На пленените някога евреи било позволено да се върнат в Йерусалим и да възстановят Йерусалимския храм. Кир заповядал да им бъдат върнати свещените съдове, които били взети като трофеи от Навуходоносор през 597 г. пр. Хр.
Падането на столицата оказало слаб ефект върху живота на повечето чиновници във Вавилония. Много от тях, които били започнали кариерата си при Набонид, продължили да служат на персите.
Но след възкачването на престола на Дарий I през 522 г. пр. Хр. във Вавилония избухнало въстание, след това отново през 484 г. пр. Хр. при царуването на сина му Ксеркс.
Ала всички тези бунтове били неуспешни. Славата на Вавилон била залязла окончателно.
–