Възможно ли е богомилството – този особен вид религиозно учение – да се появява още в първите десетилетия от нашата ера? Именно за това настояват късните му апологети. Според една от версиите им Тайната книга на богомилите е дело на св. Климент I, който е римски папа за периода от края на 80-те до края на 90-те години след Христа.
В житието на св. Климент I се посочва, че той е сред най-близките съратници на св. апостол Павел по време на престоя му в Рим. Като наказание за добрите си дела в полза на Църквата, Климент е заточен по заповед на император Траян (98-117 г.) в Херсон на Кримския полуостров, където малко по-късно умира от мъченическа смърт. Мощите му са чудодейно открити от светите братя Кирил и Методий през 861 г., по време на мисията им в Хазарския хаганат, а след това част от тях са върнати в родния му град Рим. Този св. Климент, папа римски е провидян като първоучител на богомилите. В такъв случай богомилското учение ще се окаже много по-древно от разните други ереси, които обичайно се сочат за негова основа (масалианство, несторианство, павликянство, манихейство и пр.). За идейни вдъхновители на това, което се нарича богомилство, част от късните богомили смятат както св. Климент, така и св. апостол Павел.
Поп еретик проповядва ерес, рисунка от началото на XV в.
Каква е историческата обосновка на тези паралели? При различните си мисии в източната част на Римската империя св. апостол Павел общува с хора, изповядващи тракийски орфизъм. По онова време орфизмът не носи такова наименование, но става дума за същото това духовно учение, което е толкова близко и с много допирни точки до християнството. Основната близост е на базата на религиозна вяра в безсмъртието на човешката душа. Освен това Божият пратеник (Синът божии) и Богочовек е и Създател на вселената (демиург и херос), и Цар на хората. Каквото е Христос за християните, това е тракийският цар в доктрината на тракийския орфизъм. Вярва се, че след смъртта си този тракийски цар продължава да живее, превръщайки се в бог. Затова му се строи храм, който всъщност е и негова гробница, ползвана от „оглашените“, „белия народ“ в тракийския орфизъм, за да ходят и да му се поклонят като на бог. Царският живот, от раждане до смъртта (която не е същинска), символизира кръговратът на живота и плодородието на природата. Природата (земята) е жива, когато дава плод, а след това заспива през зимата, за да се събуди отново напролет. Затова и царят никога не умира окончателно, а в един момент е възкресен.
Вярата във величието на една отделно взета човешка душа (царската) при орфиците много бързо се обръща в християнската вяра във безсмъртието на всички души при новопокръстените измежду тях. Ето защо според тези интерпретации Христовото учение има такъв успех сред орфиците в Тракия и Македония, тъй като то е вкоренено в мирогледа им. Тези бивши орфици, а от I в. нататък първи християни, имат себе си за най-чисти вярващи, за „добри хора“ и за „истински християни.“ Именно те влизат в конфликт с новопокръстения през IX в. български народ и са наречени от него „богомили.“
Представянето в добра светлина на приелите християнството орфици, впоследствие станали богомили, разбира се, е неприемлив от църковна гледна точка. Той е рационален, стреми се да „разкаже“ и разясни нагледно чудото в християнството. А обяснението заличава чудото. Тук разказът е за една еволюция. Тя обаче не е от нисше към висше същество (от амеба и чехълче към маймуна и човек), а от нисши към висши „учения“ и „доктрини“. Логиката е тази: тракийският орфизъм, изповядван под една или друга форма в средиземноморския свят, възхожда в ортодоксално (православно) християнство, което след това се „развива“ в други подобни на християнството „учения“ – манихейство (II в.), масалианство (IV в.), павликянство (VII в.), богомилство и албигойство (X в.) и др. В случая се забравя, че християнството е не просто учение, а свидетелство на чудото. Мисията да бъде негов свидетел до края на дните (чрез литургии, църковни празници и пр.) си поставя християнската Църква.
Различните еретически учения, сред които и богомилството, независимо дали произхождат още от първите десетилетия след Христа или столетия по-късно, винаги се стремят да изобличат Църквата и по този начин влизат във вражда с нея. По пътя на отрицанието на християнската църква (като призвана да свидетелства за чудото на християнството до края на дните), всяко еретическо учение създава своя църква. Затова ако се приеме за богомилство всяко еретическо учение, което отрича Църквата, но всъщност я умножава в света – то боомилсата история наистина е значителна по-древна от времето на цар Петър и поп Богомил (X в.) и е свързана с орфизма от I в. сл. Хр.
Църковен събор срещу богомилството, свикан от сръбския владетел Стефан Неманя. Фреска от 1290 г.
