През 1383 г. умрял кралят на Португалия дон Фернандо I, без да остави законен наследник. Неговата единствена дъщеря – принцеса Беатрис, била омъжена за крал Хуан I Кастилски и живеела в Кастилия.
След смъртта на краля Португалия се управлявала от регентка – кралица Леонор Телеш, заедно с нейния фаворит херцог Андейро. Тази ситуация, без легитимен владетел, означавала за португалците скорошна загуба на тяхната независимост; и без това, заради женитбата на Беатрис и Хуан Кастилски страната, формално погледнато, била чисто и просто кастилска провинция.
За да избягнат такъв развой на събитията група, португалски благородници организирали заговор, убили херцог Андейро и издигнали като кандидат за престола Великия магистър на рицарския орден „Авиш“ Жоао, извънбрачен син на крал дон Педро І Справедливи (1357-1367).
Изправен пред перспективата за пълна загуба на Португалия, която възнамерявал да превърне в част от собствените си владения, Хуан I Кастилски започнал да се готви за война.
На 6 април 1385 г. кортесите (общото събрание на португалската аристокрация), събрани в Коимбра, обявили дон Жоао І за крал на Португалия.
В отговор през юни същата година Хуан I Кастилски, подкрепен от отряд френски рицари, обявил война. На страната на дон Жоао І се включили 600 английски стрелци.
Дон Жоао събрал своите войски в подножието на замъка Томар – резиденцията на Ордена на Христос (бившият португалски филиал на Ордена на тамплиерите), където се срещнал с дружините, предвождани от конетабъла (главнокомандващия армията) дон Нуно Áлвареш Перейра. След военен съвет, в който участвали и англичаните, било решено кастилците да бъдат спрени при селцето Алжубарота, недалеч от замъка Лейрия.
Врагът разполагал с около 25 хиляди души. Португалците имали само около 7 хиляди бойци – 2000 рицари, 1000 стрелци с арбалет, 600 английски стрелци с лък и 4000 пехотинци.
В 10 ч. на 14 август 1385 г. португалската армия заела своите позиции при Алжубарота. Рицарите се спешили и застанали в центъра заедно с пехотата. По фланговете застанали английските стрелци, прикрити отстрани с две реки.
В тази битка се използвали още и „рибадекини“ (многостволни оръдия), които обаче се оказали изцяло неефективни и по-късно били изоставени.
Кастилците пристигнали на мястото на бъдещото полесражение по-късно. Те открили, че южният склон на хълма, който се извисявал над местността, е доста стръмен и започнали да го заобикалят. Португалците също променили своята позиция, като се държали фронтално срещу противника.
Привечер двете армии заели окончателните си позиции. По съвет на англичаните дон Нуно Алвареш Перейра заповядал да се поставят заградителни съоръжения, които трябвало да провалят атаката на тежката кастилска рицарска кавалерия.
Към 18 ч. кастилците били готови за битката. Но техните войници били твърде уморени след дългия поход в августовската жега. Въпреки това, в типичния стил на прочутата тогава френска конница – смазване на пехотните редици с пряка груба сила, кастилските рицари тръгнали в атака.
Обаче много преди да стигнат до първите португалски редици, загражденията, разкаляната почва и най-вече английските стрелци свършили работата си. Стрелите просто помитали кастилските редици една след друга – като се има предвид, че силата на дългия английски лък била такава, че пробивала всяка рицарска броня.
Конницата понесла големи загуби и се оттеглила. В атака тръгнали основните кастилски сили. Но те били прекалено многобройни за пространството между двете реки. Редиците им загубили своята стройност и организираност – по същество кастилската армия се превърнала в огромна неуправляема тълпа. А в това време английските стрелци продължавали смъртоносната си стрелба и скоро земята била застлана с трупове.
Към залез слънце, около час след началото на битката, строят на кастилските войски бил окончателно разнебитен. Решаващият момент настъпил, когато кралският знаменостец на кастилците паднал, убит от английска стрела. Тогава деморализираните войски в дълбочината на кастилския строй решили, че щом кралското знаме е паднало, значи и кралят им е убит. Настъпила паника, кастилците започнали да бягат. За броени мигове бягството се превърнало в пълен разгром.
Самият крал Хуан при вида на бягащите свои войници също побягнал, за да спаси живота си, като изоставил на произвола на съдбата и на милостта на врага много войници и рицари, които продължавали да се бият.
Португалците и англичаните преследвали бегълците по склоновете на хълма и така били убити много повече кастилци, отколкото в самата битка. Победата била пълна и категорична.
Битката при Алжубарота окончателно укрепила португалската държава и положила началото на нейния възход. А договорът за взаимопомощ между Португалия и Англия е в сила до ден-днешен, като е най-старият договор от такъв тип в Европа.
В знак на благодарност към Света Богородица за победата, крал дон Жоао І заповядал недалеч от мястото на битката да бъде построен манастир – „Санта Мария да Витория“ („Света Богородица Победоносна“). За съжаление, той така и останал недовършен. Сега е включен в Списъка на световното културно наследство на ЮНЕСКО. В него са погребани петима португалски крале, както и инфантът Енрике (принц Хенрих Мореплавателят).
Днес дон Нуно Алвареш Перейра е един от най-популярните национални герои на Португалия. Неговият паметник се извисява недалеч от манастира. Близкото градче така и се нарича – Баталя (Битка).
А в подножието на замъка Томар, на края на едноименния град, където някога се събрали войските на дон Нуно Перейра и дон Жоао І преди битката при Алжубарота, сега има малък параклис – „Сао Лоренсо“. Върху стената му мозайка от типичното португалско „азулежу“ – майолика от сини керамични плочки, изобразява момента на срещата.